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Actualité de la délégation de Fontainebleau

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Génomique : défis et perspectives des projets de séquençage au Brésil

Tainá Raiol, post-doctorante en bioinformatique à l'université de Brazilia, présente un état des recherches en génomique au Brésil et la collaboration avec MINES Paristech et INRIA.

L'écosystème brésilien est riche d'une grande biodiversité, mais la connaissance sur les ressources génétiques et le potentiel biotechnologique des espèces vivantes au Brésil reste limitée. Dans ce contexte, le gouvernement brésilien intensifie ses efforts financiers en faveur des projets en génomique, mettant en avant les nouvelles technologies de séquençage et les traitements bioinformatiques. Le groupe de recherche en bioinformatique de l'université de Brazilia est une équipe pluridisciplinaire composée de biologistes et d'informaticiens travaillant ensemble sur le développement de chaines d'outils pour l'étude des gènes de diverses espèces (humain, souris, fungi, bactéries). Le choix du pipeline dépend de critères tels que la longueur de la séquence, la séquence de réference du gène, la nature de la cellule (prokaryote ou eukaryote). Les principaux défis informatiques de cette étude sont la réduction des délais de traitement et la manipulation efficace de gros volumes de données produites par les séquenceurs à haut débit. C'est dans ce cadre que se situe la collaboration avec le CRI de MINES ParisTech, avec l'appui du Ministère des affaires étrangères, dans un élan de promotion de la coopération France/Brésil.

Le projet BioCloud de l'appel STIC-AmSud, dont Claude Tadonki du CRI à MINES ParisTech est le coordinateur, formalise une collaboration entre la France (MINES Paristech et INRIA) et les partenaires en Amérique Latine (Brésil et Chili) sur la mise en oeuvre des programmes de séquençage sur des systèmes informatiques distribués (clusters et Cloud).